Studierna vid fakulteten bedrivs och examen avläggs inom ett utbildningsprogram i teologi som leder till teologie magisterexamen (160 sv).

Inom utbildningsprogrammet finns tre olika linjer, den allmänna linjen, ämneslärarlinjen och den fria linjen. Vid fakulteten finns också ämnet allmän teologi. Alla som är inskrivna vid Åbo Akademis övriga fakulteter har rätt att läsa allmän teologi som biämne.

Den allmänna linjen ger beredskap för uppgifter som präst eller lektor på församlingsnivå, främst inom den evangelisk-lutherska kyrkan men också inom övriga kyrkor och samfund. Denna linje ger stora möjligheter till specialisering enligt studerandens egna intressen. Specialiseringen, som i första hand sker genom att prioritera vissa av de studieämnen som finns företrädda vid fakulteten, kan ta sikte på specialuppgifter inom t.ex. diakoni, själavård, diasporaarbete, kyrkornas missionsverksamhet och ekumeniska arbete, informations- och publikationsverksamhet, övrig kulturell verksamhet eller forskning.

En studerande på den allmänna linjen kan i sina studier också infoga t.ex. ett humanistiskt eller ett samhällsvetenskapligt ämne till en omfattning av högst 20 sv.

Ämneslärarlinjen ger beredskap för uppgifter som ämneslärare i grundskola, gymnasium och övrig mellanstadieutbildning. Huvudundervisningsämnet är religion. Inom denna linje läser den studerande också ett biämne till en omfattning av 35 sv. De vanligaste biämnena är psykologi eller historia. Inom denna linje ingår också pedagogiska studier till en omfattning av 35 sv. En del av dessa pedagogiska studier avläggs i Åbo, men det mesta avläggs i Vasa. Den som har avlagt de pedagogiska studierna vid den pedagogiska fakulteten i Vasa får behörighet för religionslärartjänst (med undervisningsrätt också i biämnet) i svenska skolor i Finland. Också de som vill utbilda sig till religionslärare inom det finska skolväsendet kan genomgå ämneslärarutbildning vid fakulteten. De pedagogiska studierna försiggår då vid Åbo universitet enligt dess bestämmelser.

Den fria linjen bygger på första delen av grundstudierna i samtliga teologiska ämnen samt minst ett ämne inom fakulteten, vilket blir huvudämne i examen. Utöver allmänna, grund- och huvudämnesstudier ingår studier i två eller flera ämnen inom eller utanför fakulteten. Av dessa bör studierna i ett ämne omfatta minst 35 sv, medan de resterande är fritt valbara, dock så att ytterligare minst ett tredje ämne ingår. Den fria linjen är avsedd för teologer som i sin utbildning vill ha en samhällelig och kulturell inriktning eller för den som önskar inrikta sig på forskningsuppgifter.

Utbildningsprogrammet är uppbyggt så att de akademiska studier som krävs för prästvigning ingår i den allmänna linjen. Inom den ingår därför bl.a. församlingspraktik, själavårdspraktik, skriftskolpraktik och övningar i praktisk tilllämpning. Praktik- och övningsperioderna omfattar sammanlagt 10 sv. Dessa moment är inplacerade under terminerna för att nå en så god växelverkan med de teoretiska studierna som möjligt. För studerande som inte siktar på tjänst som förutsätter prästvigning, finns möjligheter till alternativ icke-kyrklig praktik.

Det första studieåret är så gott som gemensamt för alla som antas till utbildningsprogrammet i teologi. Valet av linje sker därför först under det andra studieåret genom ett lärarlämplighetstest för den som önskar läsa på ämneslärarlinjen, samt genom anmälan beträffande den fria linjen.

Under de första åren får den studerande bekanta sig med fakultetens alla ämnen, d.v.s: gammaltestamentlig exegetik (bibelforskning), judaistik, nytestamentlig exegetik (bibelforskning), kyrkohistoria, dogmatik (den kristna trosläran), teologisk etik med religionsfilosofi, praktisk teologi och religionsvetenskap.

Ett av ämnena väljs i ett senare skede till huvudämne och i det skriver man en vetenskaplig avhandling, gärna i anslutning till ett tvärvetenskapligt projekt. I huvudämnet nås färdighet för vetenskapliga påbyggnadsstudier.